Frankie Page (Patricia Arquette) lebt ruhig, frei und unbeschwert. Und die geringste ihrer Sorgen sind Fragen über Gott. All das ändert sich plötzlich, wenn es von « stigmata » — blutenden Wunden des gekreuzigten Christus getroffen wird. Aufmerksamkeitsvater Kernan (Gabriel Byrne), ein autorisierter Ermittler aus dem Vatikan.
Gleichzeitig und ein anderer Geistlicher, der korrupte Kardinal Hassman (Jonathan Price), erkennt, dass Frankie auserwählt wurde, eine erdrückende Prophezeiung zu vermitteln, die der offiziellen Kirche schaden könnte. Schweigen Sie.
So, Kernan, riskiert sein Leben, versucht Frankie zu retten und eine Botschaft zu erhalten, nicht nur die Grundlagen der römisch-katholischen Kirche zu brechen, sondern für immer das Schicksal der Menschheit zu verändern.