Wrestler for Freedom Neo, Trinity und Morpheus führen weiterhin die Rebellion der Menschen gegen die Armee von Maschinen. Um das System der Unterdrückung und Ausbeutung zu zerstören, sind sie gezwungen, nicht nur auf das Arsenal der ausgezeichneten Waffen zurückzugreifen, sondern auch auf ihre herausragenden Fähigkeiten. Die Mission, die Menschheit vor ihrer völligen Ausrottung zu retten, bringt ihnen ein tieferes Verständnis des Designs der Matrix und der zentralen Rolle von Neo im Schicksal der Menschheit.
